تجزیه و تحلیل ژنومی روغن زیتون فرابکر شامل دو مانع اصلی بود که عبارت بودند از: استخراج DNA از یک ماتریکس روغنی و انتخاب نشانگرهای مولکولی مناسب که می تواند نتایج قابل اعتمادی را ارائه دهد.
روش های مختلف (CTAB، استخراج سیلیس، هیدروکسی آپاتیت، دانه های مغناطیسی، ستون چرخانده شده، و کیت های تجاری) ثابت کرده اند که DNA روغن زیتون را حفظ می کنند.
با وجود این، نشان داده شده است که DNA جدا شده از روغن زیتون در زمان ذخیره می تواند توسط واکنش های اکسیداسیون آسیب ببیند (5، 6).
اگر DNA آسیب دیده باشد، نمی تواند به درستی برای DNA پلیمراز در دسترس باشد، که در محل آسیب متوقف می شود و واکنش ممکن است قطع شود یا واکنش ممکن است با اندازه آمپلیکون نامنظم پایان یابد.
به عبارت دیگر، DNA با کیفیت پایین به طور بالقوه منجر به نتایج متناقض و در نتیجه غیرقطعی می شود، با این حال، تقویت موفقیت آمیز PCR احتمالاً به توانایی روش استخراج DNA و انتخاب صحیح نشانگرهای مولکولی بستگی دارد.
بسیاری از مطالعات در سال‌های اخیر از AFLP (چند شکلی طول قطعه تقویت‌شده)، RAPD (تقویت تصادفی DNA چند شکلی)، ISSR (تکرار توالی بین ساده)، SSRs (تکرارهای توالی ساده)، LDR/UA (تکثیر تصادفی با واکنش همگانی) استفاده کرده‌اند.
SNPs (چند شکلی تک نوکلئوتیدی)، CE-SSCP (پلی‌مورفیسم ساختاری مبتنی بر الکتروفورز مویرگی)، و بارکد DNA ابزارهای ژنتیکی برای تولید یک پلتفرم قابل اعتماد هستند.
ارقام سازنده روغن زیتون را شناسایی کنید، یک روش مدرن انگشت نگاری DNA به نام “کارت هویت” نیز می تواند برای شناسایی صریح روغن زیتون بسیار ارزشمند استفاده شود.
علاوه بر این، SNP های ویژه، پسوندهای تک پایه (SBE) با موفقیت ترکیب روغن زیتون و روغن فندق را با استفاده از DNA کلروپلاست شناسایی کرده اند.
بنابراین، قرار است توالی‌های کلروپلاست و میتوکندری مزایای بیشتری نسبت به توالی‌های هسته‌ای داشته باشند، زیرا شامل تعداد کپی ژن بالاتر در هر سلول، به‌ویژه برای احراز هویت روغن تصفیه‌شده مفید است.
- منابع:
